E. coli es actualmente el indicador más confiable de la contaminación bacteriana fecal en aguas superficiales. Es un importante indicador de contaminación en el agua asociado a factores como:

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• Descargas de aguas residuales

• Contaminación de residuos fecales de fauna silvestre

• Fosas sépticas deficientes o inapropiadas

• Sistemas de drenaje deficientes o inexistentes

• Descargas de drenajes pluviales

• Aguas estratificadas

• Emisión de nutrientes de zonas agrícolas

• Acumulación de natas inducidas por el viento

• Asentamientos irregulares y que no cuentan con infraestructura de saneamiento y alcantarillado

• Zonas de concentración de animales

• Embarcaciones pequeñas y grandes (derrames de combustible, grasas y aceites)

• Tiraderos de basura